Nel 1936 la casa automobilistica è leader di produzione di automobili a livello nazionale e da altri paesi giungono reazioni positive. Con l’avvento della Seconda Guerra Mondiale e l’occupazione, la produzione si concentra sulle esigenze della Germania. La fabbrica viene bombardata verso la fine del conflitto mondiale.
ŠKODA si classifica al secondo posto nel Rally di Monte Carlo con il modello POPULAR SPORT, che passerà alla storia come «Monte Carlo». La POPULAR continua a vincere rally in Africa, nei Balcani e in Uruguay. La gamma di modelli viene ampliata con la versione di classe media ŠKODA FAVORIT.
Viene lanciata la ŠKODA POPULAR 995. Questa «ŠKODA per il popolo» (in ceco «ŠKODA pro lid») è soprannominata «Liduška», un nome femminile che riflette la parola «lidový» («del popolo»). La produzione civile passa in secondo piano dallo scoppio della Seconda Guerra Mondiale. L’intero gruppo è ora controllato dalla società Reichswerke Hermann Göring AG.
L’industria automobilistica si converte alla produzione bellica. Oltre ai componenti per le armi, si producono soprattutto vari tipi di carrelli per le consegne, veicoli a trazione integrale e il cingolato RSO.
Le prime auto ŠKODA POPULAR modernizzate lasciano lo stabilimento di Mladá Boleslav, gravemente danneggiato. L’economia statale è controllata dal regime socialista, nella primavera del 1945 si assiste alla nazionalizzazione di grandi aziende, tra cui gli stabilimenti Škoda di Pilsen e ASAP di Mladá Boleslav.