Nel 1987 entra in produzione il tanto atteso e nuovissimo modello ŠKODA FAVORIT. Nel marzo 1991 l’azienda inizia una partnership con Volkswagen. Anche il nome dell’azienda è nuovo: ŠKODA, società automobilistica per azioni.
Viene lanciata la produzione della serie di modelli FAVORIT. Il passaggio al moderno concetto di motore ad asse anteriore, trazione anteriore e carrozzeria compatta con ampia quinta porta avviene a tempo di record. L’elegante carrozzeria viene progettata dal designer italiano Nuccio Bertone.
ŠKODA FAVORIT viene lanciata sul mercato, registrando un successo di vendite sia in Cecoslovacchia che all’estero.
In seguito al cambio di regime politico del 1989, l’azienda ricerca un solido partner estero per trasferire la ŠKODA, in base alle condizioni economiche del mercato, a un’azienda competitiva a livello internazionale. Nel dicembre 1990, la Repubblica Ceca sceglie Volkswagen.
ŠKODA, automobilová a. s. inizia le sue attività e si unisce a VW, Audi e Seat come quarto marchio del gruppo Volkswagen.
È in corso un processo per migliorare la qualità della produzione: tutti i veicoli ŠKODA vengono dotati di sistemi di iniezione monopoint e di convertitori catalitici controllati.
Il modello ŠKODA FAVORIT, dopo oltre un milione di veicoli prodotti, viene sostituito dalla FELICIA, la prima vettura sviluppata insieme a VW dopo la fusione. Al 2001 l’azienda ha prodotto più di 1,4 milioni di modelli FELICIA.
A Mladá Boleslav viene posata la prima pietra dell’impianto di produzione del futuro nuovo modello di OCTAVIA di classe media.